Женский авиационный полк был сформирован в октябре 1941 года по приказу НКО СССР № 0099 от 08.10.41
Приказом НКО СССР № 64 от 8 февраля 1943 года, за мужество и героизм личного состава, проявленные в боях с немецко-фашистскими захватчиками, полку было присвоено почётное звание «Гвардейский» и он был преобразован в 46-й гвардейский ночной бомбардировочный авиационный полк.
С 15 мая 1944 года входил в состав 325-й ночной бомбардировочной авиадивизии.
В ходе освобождения Крыма в мае 1944 года полк временно входил в состав 2-й гвардейской ночной бомбардировочной авиадивизии.
За бесстрашие и мастерство немцы прозвали лётчиц полка «ночными ведьмами».
